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Cette méthode a été inventée en 1978 par le Docteur Edgar Rey Sanabria confronté au manque de couveuses à l’Institut Materno-Infantile de Bogota où il était pédiatre. Cette pénurie de couveuses obligeait les soignants à mettre plusieurs prématurés ensemble avec le risque d’infection majoré qui en découlait. A cette époque les enfants étaient souvent abandonnés au vue de leur faible chance de survie et du prix des soins difficile à assumer par les familles. En 1979 avec le soutient de ses collègues pédiatres, les Docteurs Hector Martinez Gomez et Luiz Navarette Perez, le Docteur Edgar Rey Sanabria poursuit le développement de la méthode kangourou. En 1989 après une dizaine d’années d’efforts une ONG Suisse, le WorldLab, s’y intéresse et finance la Fondation Kangourou de Bogota afin d’évaluer les résultats de la méthode de manière scientifique. C’est la pédiatre Nathalie Charpak qui dirigie la Fondacion Canguro depuis le début du projet. Finalement, convaincu par l’efficacité de cette méthode, le ministère de la santé colombien a publié des règles précises concernant la méthode kangourou. Parallèlement au développement en Colombie, la méthode a été adoptée un peu partout dans le monde, notamment en Europe. Cependant l’enjeu vital étant moins prononcé dans des pays comme la France, la méthode a été adaptée considérablement.
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